1955年6月，在中國科學院成立技術科學部成立大會的報告中，技術科學部主任嚴濟慈指出：中科院為著手進行水利工程科學研究，與清華大學協(xié)商，達成《中國科學院、清華大學關于籌建中國科學院水工研究室的協(xié)議》。

1955年10月，中科院籌建成立水工研究室。機構暫設在清華大學內，待建成水利科學研究所后再遷出清華大學，獨立成為中國科學院水工研究室 ^[3]  。

1956年，中國科學院水工研究室正式成立，辦公地點遷出清華水利館，搬到清華園新林院，與中科院動力研究所合占一棟二層樓房（原中國科學院數學研究所舊址） ^[4]  。

1956年7月，北京水利科學研究院成立，是水利部領導的水利科學研究機構，設有水文、泥沙、水工、土工、結構材料、土壤改良、水利史、儀器研究及實驗工廠9個業(yè)務部門。 ^[5] 

1952年起，當時的燃料工業(yè)部水力發(fā)電建設總局擬籌建水電科學研究機構。

1953年，在北郊六鋪炕設計處成立了以郭可銓同志負責的試驗組。

1954年，試驗組改名為試驗室。 ^[6] 

1955年夏，正式掛牌為水力發(fā)電建設總局科學試驗所。

1956年國家設立電力部工業(yè)部，在水力發(fā)電建設總局科學試驗所的基礎上成立了電力工業(yè)部水電科學研究院。

1957年下半年，電力部水電科學研究院的人員從東郊定福莊遷到木樨地新址辦公。 ^[6] 

1957年12月，中國科學院、水利部、電力工業(yè)部、交通部達成協(xié)議，正式決定中國科學院水工研究室與水利部北京水利科學研究院合并為中國科學院水利部水利科學研究院，由中國科學院與水利部共同領導，并與清華大學合作 ^[6]  。

1958年，國家部委機構進行調整，水利部與電力工業(yè)部合并成立水利電力部。 ^[3] 

1958年6月，電力工業(yè)部水電科學研究院與中國科學院、水利部水利科學研究院正式合并，于1959年6月更名為中國科學院、水利電力部水利水電科學研究院。

1972年，前水科院和電科院少數人在實驗工廠下合為科研連。

1973年，水電部建水利電力研究所，下設水利研究室。 ^[5] 

1976年，水利研究室改成水利調度研究所。

1978年4月，水利水電科學研究院恢復重建，先屬中國科學院和水利電力部雙重領導，后改屬中國科學院、水利部和電力工業(yè)部三重領導。

1994年9月，水利水電科學研究院更名為中國水利水電科學研究院。 ^[7] 

截至2015年底，全院在職職工1438人，擁有中國科學院院士1人、中國工程院院士5人，具有正高級專業(yè)技術職務256人、副高級專業(yè)技術職務445人。 ^[1] 

中國科學院院士（專職）：陳祖煜 ^[8] 

中國工程院院士（專職）：陳厚群、陳志愷、韓其為、王浩、朱伯芳 ^[8] 

據2017年1月中國水利水電科學研究院官網顯示，研究院設有5個院屬企業(yè)、41個掛靠單位（其中國內專業(yè)委員會24個、期刊雜志編輯部11個）、13個非營利科研機構、1個國家重點實驗室、2個水利部重點實驗室、4個國家級研究中心、7個水利部研究中心/應用中心/收藏館。 ^[1] 

院屬企業(yè)：北京中水科工程總公司、北京愛德服務總公司、北京中水科水電科技開發(fā)有限公司、北京中水科海利工程技術有限公司、天津水利電力機電研究所、北京中水潤科認證有限責任公司

掛靠單位：國際泥沙研究培訓中心、中國大壩工程學會秘書處、中國灌溉排水國家委員會秘書處、世界泥沙研究學會秘書處、中國水利工程研究協(xié)會秘書處、全球水伙伴中國委員會秘書處

非營利科研機構：水資源研究所、防洪抗旱減災研究所、水環(huán)境研究所、水利研究所、工程抗震研究中心、巖土工程研究所、結構材料研究所、泥沙研究所、水力學研究所、遙感技術應用開發(fā)中心、牧區(qū)水利科學研究所（京外）、水利史研究所、水電可持續(xù)發(fā)展研究中心

國家重點實驗室：流域水循環(huán)模擬與調控國家重點實驗室

水利部重點實驗室：水利部水沙科學與江河治理重點實驗室、水利部水工程建設與安全重點實驗室

國家級研究中心：國家能源水能高效利用與大壩安全技術研發(fā)中心、國家節(jié)水灌溉北京工程技術研究中心、國家農業(yè)灌排設備質量監(jiān)督檢驗中心、國家水電可持續(xù)發(fā)展研究中心

水利部研究中心/應用中心/收藏館：水利部防洪抗旱減災工程技術中心、水利部水資源與水生態(tài)工程技術研究中心、水利部水土保持生態(tài)工程技術研究中心、水利部草地水土保持生態(tài)研究中心、水利部水環(huán)境監(jiān)測評價研究中心、水利部遙感技術應用中心、水利部江河水利志收藏館

據2017年1月中國水利水電科學研究院官網顯示，研究院大型高速水流減壓箱、大型三向六自由度模擬地震振動臺、離心模擬試驗機、水力機械模型通用試驗臺、水質色譜-質譜聯(lián)機儀等儀器設備，以及一大批自主開發(fā)的水利水電計算機軟件和大型高性能的并行計算平臺。 ^[1] 

截至2009年12月，圖書館收集圖書期刊15萬余冊，其中外文期刊占50%，縮微和視聽資料7萬余種，與中國以外約100個單位建立了圖書期刊交流關系，技術資料室收集科技資料7萬余種，與中國內地300多個單位建立了交換關系；收集技術檔案3000余項，共6000余件。 ^[9] 

截至2011年，中國水利水電科學研究院數字圖書館可提供千余冊電子圖書，包括《人民日報》在內的10種電子報紙的在線閱讀，可提供150多種優(yōu)秀科普期刊的在線閱讀，可提供總計831種優(yōu)秀文學期刊的在線閱讀，可提供10349部國內外精品視頻的在線播放和下載等多項功能。 ^[10] 

據2017年1月中國水利水電科學研究院官網顯示，研究院主持承擔了一大批國家級重大科技攻關項目和省部級重點科研項目，承擔了國內幾乎所有重大水利水電工程關鍵技術問題的研究任務，還在國內外開展了一系列的工程技術咨詢、評估和技術服務等科研工作。截至2015年底，全院共獲得國家科技進步獎95項、省部級獎勵574項，主編或參編國家和行業(yè)標準376項。 ^[1] 

《中國水利水電科學研究院學報》為水利部主管、中國水利水電科學研究院主辦的綜合性學術刊物，于2003年6月創(chuàng)刊，為雙月刊。主要刊登水利水電宏觀決策研究、應用基礎研究及工程應用方面的科技論文、專題綜述和工程技術總結等。被北京大學《中文核心期刊要目總覽》來源期刊（2014年版）收錄，曾被評為Caj-cd規(guī)范獲獎期刊。 ^[12] 

《水電站機電技術》創(chuàng)辦于1978年6月的《水電機電安裝技術》，1985年起網刊更名為《水電站機電技術》。該刊為雙月刊，由中華人民共和國水利部主管，中國水利水電科學研究院、中國水力發(fā)電工程學會、全國水利水電機電技術信息網主辦，中國水力發(fā)電工程學會控制設備專委會、中國水力發(fā)電工程學會水力機械專委會、中國電機工程學會水電設備專委會、中國水力發(fā)電工程學會計算機應用專委會協(xié)辦。為國家圖書館、各省市圖書館、科技信息所館藏資料；被萬方數據、維普資訊、中國學術期刊網絡出版總庫、CNKI系列數據庫、中文科技資料目錄（《水利水電》和《電工文摘》）等收錄。 ^[13] 

20世紀50年代起，研究院就開始研究生的培養(yǎng)，是國務院學位辦首批授予的“水利工程”一級學科培養(yǎng)單位。

據2017年1月中國水利水電科學研究院官網顯示，研究院設有2個一級學科博士后流動站、8個二級學科博士和碩士學位授予專業(yè)。 ^[1] 

博士后流動站：水利工程、土木工程

二級學科博士、碩士點：巖土工程、水文學及水資源、水力學及河流動力學、水工結構工程、水利水電工程、水環(huán)境學、水信息學、水災害與水安全 ^[1] 

截至2015年底，中國水利水電科學研究院共有研究生導師217人，其中博士生導師83人，碩士生導師134人。在讀研究生251人，其中博士生149人、碩士生102人；“西部之光”訪問學者等6人。 ^[1] 

學術型、全日制博士研究生，學制3年。學術型、全日制碩士研究生，學制2.5年。研究生可申請國家獎學金、潘家錚水電獎學金、張光斗優(yōu)秀學生獎學金等獎勵。 ^[14-15] 

2016年11月，研究生部對研究生發(fā)表的科學引文索引（SCI）檢索11篇、工程索引（EI）檢索8篇、會議論文引文（CPCI）檢索2篇、中文核心檢索7篇論文獎勵共257740元。 ^[16] 

據2017年1月中國水利水電科學研究院官網顯示，研究院具有工程咨詢甲級（水利工程、水電）、乙級（新能源、生態(tài)建設和環(huán)境工程）資格證書、水文與水資源調查評價甲級資質證書、建設項目環(huán)境影響評價甲級資質證書、建設項目水資源論證甲級資質證書、水土保持監(jiān)測甲級資格證書、水土保持方案編制甲級資格證書、水利工程質量檢測甲級資質（巖土類、混凝土工程類、量測類）、文物保護工程勘察設計甲級資質等證書；通過了國家計量認證、ISO9001質量管理體系認證等，被遴選為國家發(fā)改委、北京市政府固定資產投資項目咨詢評估機構以及水利部水利水電建設工程蓄水安全鑒定、大中型水閘安全評價和水土保持設施驗收技術評估單位。 ^[7] 

據2017年1月中國水利水電科學研究院官網顯示，研究院是聯(lián)合國教科文組織和中國政府合屬的國際泥沙研究培訓中心、世界水土保持協(xié)會、國際大壩委員會中國委員會、國際灌排委員會中國委員會、國際水利與環(huán)境工程學會、全球水伙伴中國委員會等秘書處掛靠單位。有2位資深專家曾任重要涉水國際組織主席，多位資深專家在國際專業(yè)組織內擔任重要職務，與國際重要學術團體、中國以外著名科學研究機構和知名大學建立了交流與合作機制。 ^[7] 

研究院院徽是由水利工程大壩抽象、藝術化形成的圖案。

院徽上IWHR是中國水利水電科學研究院的英文簡稱。 ^[7] 

獻身、負責、求實 ^[17] 

創(chuàng)新、求實、敬業(yè)、奉獻 ^[17]