1978年，于第三軍醫(yī)大學(xué)本科畢業(yè)。

1981年、1989年在第四軍醫(yī)大學(xué)分別獲碩士和博士學(xué)位。

1985年、1991年先后赴日本東京國(guó)立癌癥中心和比利時(shí)魯汶大學(xué)深造。

2001年，當(dāng)選為中國(guó)工程院院士。

2008年，當(dāng)選第十一屆全國(guó)人大代表。

2010年6月11日，當(dāng)選為中國(guó)工程院副院長(zhǎng)。

2013年6月29日，受聘為南開大學(xué)榮譽(yù)教授。 ^[1] 

2013年10月21日，當(dāng)選美國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院（Institute of Medicine of the National Academies）外籍院士。

歷任第四軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院消化內(nèi)科醫(yī)師、助教、主治醫(yī)師、講師、副教授、主任醫(yī)師、教授，消化內(nèi)科副主任、主任，內(nèi)科教研室副主任、主任，第四軍醫(yī)大學(xué)副校長(zhǎng)、校長(zhǎng)。

曾任中國(guó)工程院副院長(zhǎng)、第四軍醫(yī)大學(xué)校長(zhǎng)、中華消化學(xué)會(huì)主任委員、2013年世界消化病大會(huì)主席等職。

現(xiàn)任第十三屆全國(guó)人大教科文衛(wèi)委員會(huì)委員、中國(guó)抗癌協(xié)會(huì)理事長(zhǎng)、亞太消化學(xué)會(huì)副主席、空軍軍醫(yī)大學(xué)西京消化病醫(yī)院院長(zhǎng)、腫瘤生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主任、國(guó)家消化疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心主任、國(guó)家藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)主任。 ^[3] 

第十三屆全國(guó)人民代表大會(huì)代表 ^[4] 

中華消化學(xué)會(huì)主任委員、中華內(nèi)科學(xué)會(huì)副主任委員、中國(guó)抗癌協(xié)會(huì)副理事長(zhǎng)、亞太胃腸病學(xué)會(huì)常務(wù)理事兼獎(jiǎng)勵(lì)委員會(huì)主席等學(xué)術(shù)職務(wù)，國(guó)家教育部長(zhǎng)江學(xué)者獎(jiǎng)勵(lì)計(jì)劃特聘教授，先后擔(dān)任過(guò)國(guó)內(nèi)外25家醫(yī)學(xué)雜志的編委、副主編或主編，近20年來(lái)先后兼任過(guò)北京大學(xué)等69所大學(xué)的客座教授或名譽(yù)教授。2008年在9月中旬結(jié)束的亞太地區(qū)消化病學(xué)會(huì)會(huì)議上，樊代明院士榮選亞太地區(qū)消化病學(xué)會(huì)常務(wù)理事兼國(guó)際事務(wù)委員會(huì)主席，吳開春教授榮選亞太地區(qū)消化病學(xué)會(huì)常務(wù)理事兼科技獎(jiǎng)勵(lì)委員會(huì)主席。

樊代明同志長(zhǎng)期從事消化系疾病的臨床工作及基礎(chǔ)研究工作，特別是學(xué)成歸國(guó)后以胃癌的基礎(chǔ)和臨床研究為主攻方向，做出突出成績(jī)：①應(yīng)用淋巴細(xì)胞雜交技術(shù)建立多株特異性強(qiáng)、免疫活性高的胃癌單克隆抗體細(xì)胞系，并應(yīng)用現(xiàn)代免疫學(xué)方法從胃癌細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)4種新的腫瘤抗原，命名為MGAgs，用以檢測(cè)人體組織、血液、胃液或腹水中的這類抗原，對(duì)胃癌的早期診斷和定性診斷有重要應(yīng)用價(jià)值，受到了國(guó)際同行臨床應(yīng)用驗(yàn)證和肯定；②應(yīng)用細(xì)胞工程及免疫學(xué)技術(shù)加以改進(jìn)，研制成功10種針對(duì)MGAgs的胃癌單抗，其特異性強(qiáng)、靈敏度高。用細(xì)胞工程與基因工程技術(shù)相結(jié)合，研制出胃癌血清學(xué)診斷——免疫PCR技術(shù)，開創(chuàng)了胃癌特異性血清學(xué)診斷的先例，提高了胃癌的血清診斷陽(yáng)性率，并可檢出部分早期胃癌，該項(xiàng)成果獲得了國(guó)家專利、國(guó)家新藥證書及生產(chǎn)文號(hào)。③率先建立4個(gè)胃癌耐藥細(xì)胞系，從中發(fā)現(xiàn)一個(gè)新的耐藥分子，命名為MGr-Ag，克隆成功其基因序列并被GenBank收錄。④發(fā)現(xiàn)MGAgs在癌細(xì)胞膜上的密度(數(shù)量)與局部免疫活性細(xì)胞的總數(shù)，各亞群的比值及其布態(tài)明顯相關(guān)，且能激發(fā)人體明顯的抗瘤及抗轉(zhuǎn)移反應(yīng)。⑤應(yīng)用基因重組技術(shù)建立多種針對(duì)胃癌抗原的特異性疫苗，并在胃癌的基礎(chǔ)研究中獲重大進(jìn)展，引起國(guó)際同行關(guān)注。此外，他還首先研制成功針對(duì)骨形成蛋白生物活性位點(diǎn)的單克隆抗體，為骨創(chuàng)傷及某些骨病的研究提供了新手段。

先后承擔(dān)國(guó)家863計(jì)劃、973計(jì)劃、國(guó)家攻關(guān)、國(guó)家重大支撐、國(guó)家自然科學(xué)基金等課題，是首批國(guó)家優(yōu)秀中青年人才專項(xiàng)基金及國(guó)家杰出青年基金的獲得者，首批創(chuàng)新研究群體學(xué)術(shù)帶頭人。先后擔(dān)任Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology、Gut、Hepatology等13本國(guó)際雜志的編委、副主編或主編。在Lancet、Nature Medicine、Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology、Nature Clinical Practice Oncology、Gut等國(guó)外雜志發(fā)表SCI論文651篇，單篇最高影響因子45分，論文被引用逾2萬(wàn)次以上。 ^[3] 

樊代明同志在近30年的醫(yī)療、教學(xué)、科研、管理工作中，始終勤奮工作，艱苦奮斗，不僅學(xué)術(shù)造詣深厚，臨床經(jīng)驗(yàn)豐富，科研能力卓越，工作作風(fēng)嚴(yán)謹(jǐn)，管理能力突出，在學(xué)科建設(shè)和人才培養(yǎng)上碩果累累。他先后診斷出世界第14例、中國(guó)第1例嗜紅細(xì)胞性淋巴瘤，世界第8例、中國(guó)第1例胰管、膽管血管瘺并上消化道頻繁出血。他個(gè)人多次獲得國(guó)家和軍隊(duì)的獎(jiǎng)勵(lì)和肯定。其中，1991年獲國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)“全國(guó)做出突出貢獻(xiàn)的中國(guó)博士學(xué)位獲得者”；1992年獲中國(guó)科協(xié)“中國(guó)青年科技獎(jiǎng)”，并光榮當(dāng)選中共十四大代表；1993年獲國(guó)家衛(wèi)生部“全國(guó)首屆百名醫(yī)學(xué)科技之星稱號(hào)”；1994年被國(guó)家人事部批準(zhǔn)為“國(guó)家有突出貢獻(xiàn)的中青年專家”；1995年入選國(guó)家“百千萬(wàn)人才工程”第一層次人選；1996年被國(guó)家科委等八部委聯(lián)合授予“中國(guó)青年科學(xué)家獎(jiǎng)”，并榮獲總后勤部首批科技金星；1997年被中組部授予“全國(guó)優(yōu)秀共產(chǎn)黨員”稱號(hào)；1998年獲中國(guó)科協(xié)“求是實(shí)用工程獎(jiǎng)”；1999年被國(guó)家教育部批準(zhǔn)為“長(zhǎng)江學(xué)者獎(jiǎng)勵(lì)計(jì)劃特聘教授”；2000年被國(guó)家自然基金委批準(zhǔn)為首批創(chuàng)新研究群體學(xué)術(shù)帶頭人；2001年當(dāng)選中國(guó)工程院院士；2002年獲“全軍專業(yè)技術(shù)重大貢獻(xiàn)獎(jiǎng)”；2003年獲“全國(guó)回國(guó)人員杰出成就獎(jiǎng)”；2006年獲總后勤部“伯樂(lè)獎(jiǎng)”。榮獲2010年度陜西省科學(xué)技術(shù)最高成就獎(jiǎng)。2008年，由樊代明帶領(lǐng)的研究團(tuán)隊(duì)由于在“胃癌惡性表型相關(guān)分子群的發(fā)現(xiàn)及其序貫預(yù)防策略的建立和應(yīng)用”方面的研究而獲得國(guó)家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)。

他所在的消化內(nèi)科是教育部批準(zhǔn)的國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科。自樊代明同志擔(dān)任學(xué)科主任以來(lái)，學(xué)科病床從原來(lái)的42床發(fā)展到174張，目前已成為國(guó)內(nèi)病房規(guī)模最大的消化科。他還積極謀劃未來(lái)，總面積3.3萬(wàn)平方米、共19層、含10個(gè)病區(qū)370張病床的消化病大樓已經(jīng)封頂，今年即將投入使用，屆時(shí)將成為國(guó)際上規(guī)模最大的消化病?？漆t(yī)院。消化科所屬實(shí)驗(yàn)室是總后衛(wèi)生部批準(zhǔn)的全軍消化病研究所和全軍重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。2004年在樊代明同志率領(lǐng)下，以該實(shí)驗(yàn)室為主體并與兄弟學(xué)科聯(lián)合，申報(bào)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，經(jīng)過(guò)科技部現(xiàn)場(chǎng)評(píng)估最后批準(zhǔn)立項(xiàng)建設(shè)腫瘤生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，成為全軍第二個(gè)、第四軍醫(yī)大學(xué)第一個(gè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，2006年順利通過(guò)驗(yàn)收，掛牌成立。樊代明同志所帶領(lǐng)的學(xué)術(shù)隊(duì)伍于2001年成為國(guó)家自然科學(xué)基金委批準(zhǔn)的“創(chuàng)新研究群體”（首批全國(guó)醫(yī)學(xué)界唯一一個(gè)）獲資助360萬(wàn)元，并于2004年首屆期滿后，成績(jī)突出，獲延續(xù)資助360萬(wàn)元。該群體包括院士1名，“長(zhǎng)江學(xué)者計(jì)劃”特聘教授3名，國(guó)家杰出青年基金獲得者4名，有18人先后從美、英、日等國(guó)學(xué)成歸來(lái)。自擔(dān)任研究生導(dǎo)師以來(lái)，先后招收和培養(yǎng)博士后5名、博士64名、碩士62名，他培養(yǎng)的研究生有30名已晉升為高級(jí)職稱，1人獲總后十大杰出青年，榮立一等功，18人已成為軍醫(yī)大學(xué)或軍區(qū)總院、中心醫(yī)院的學(xué)科主任或副主任。他所帶領(lǐng)的團(tuán)隊(duì)還積極參與國(guó)內(nèi)外學(xué)術(shù)交流，不斷提高學(xué)術(shù)水平，擴(kuò)大學(xué)術(shù)影響。僅2005年就先后擔(dān)任中日交流峰會(huì)大會(huì)主席和韓國(guó)2005亞太消化病周（APDW）分會(huì)共同執(zhí)行主席。2001年以來(lái)，組織召開了國(guó)際學(xué)術(shù)會(huì)議3次（2001年中歐消化系疾病研討會(huì)、2002年第六屆國(guó)際消化內(nèi)鏡會(huì)議、2004年第三屆中日癌癥研討會(huì)）。2002年來(lái)應(yīng)全國(guó)各地的邀請(qǐng)，由他帶領(lǐng)該科6名教授組成的“微創(chuàng)技術(shù)講師團(tuán)”，足跡踏遍全國(guó)25個(gè)省市自治區(qū)、全軍17個(gè)不同軍兵種醫(yī)院，舉辦專題講座并作現(xiàn)場(chǎng)演示，深受同道歡迎。2009年1月獲得中國(guó)科學(xué)技術(shù)一等獎(jiǎng)。

2017年6月23日，樊代明獲科學(xué)中國(guó)人2016年度人物之杰出大學(xué)校長(zhǎng)獎(jiǎng)。 ^[2]