1999年，當選為中國工程院院士。

黃先祥在中國首次提出戰略導彈新的作戰思想，并研制出特種裝備；研制出多種型號地地導彈大型綜合性模擬系統；建立了中國第一套戰略導彈測試發射設備自動檢定系統；研制出新型高精度定向瞄準系統。獲國家和軍隊獎27項，其中，國家科技進步一等獎2項、二等獎4項，國家技術發明二等獎1項，軍隊科技進步一等獎6項，國家發明專利26項。獲何梁何利科技進步獎，中國人民解放軍專業技術重大貢獻獎、科技創新群體獎。研究成果被應用于多種型號導彈武器和衛星發射系統，取得了顯著的軍事經濟效益。發表學術論文260余篇，其中被SCI、EI收錄百余篇，出版教材著作13部。

創建了軍隊兵器發射理論與技術學科，使該學科成為國家重點學科、軍隊和陜西省重點學科，設立了兵器科學與技術博士后科研流動站，獲得一級學科博士學位授予權。培養指導博士后、博士和碩士研究生百余名。評為全國優秀教師、國家有突出貢獻中青年專家。出席了全國勞動模范與先進工作者表彰大會，中央軍委主席簽發通令榮記一等功。

國家科技獎專家評審委員會委員，軍隊獎專家評審委員會副主任，中國系統仿真學會榮譽副理事長，總裝備部科技委（兼職）委員，陜西省學位委員會委員。曾任國務院學位委員會學科評議組召集人，軍隊學位委員會委員。中國共產黨十四大代表，第十、十一屆全國政協委員。