一期工程：1998年1月27日正式開工，到2000年3月完成，航道水深從7米增深到8.5米，實(shí)現(xiàn)歷史性跨。

二期工程：2002年4月開工，2005年3月10米水深北槽雙向航道全面貫通，航道水深由8.5米增深到10米，2005年11月通過國家驗(yàn)收，并同期延伸到南京。

三期工程：2006年9月開工建設(shè)，2010年3月14日前達(dá)到全槽貫通12.5米航道水深的目標(biāo)。

跨世紀(jì)宏偉工程——長江口深水航道三期工程12.5米水深全線貫通。交通運(yùn)輸部3月14日在滬宣布，國家“十一五”重點(diǎn)工程長江口深水航道三期治理工程順利通過交工驗(yàn)收，“打通攔門沙，治理長江口”的百年夢想終于實(shí)現(xiàn)。整個(gè)工程歷時(shí)12年、耗資150多億元，從東海到上海外高橋碼頭，打造出一條水深12.5米、全長92.2公里、底寬350米至400米的雙向“水上高速通道”，拔掉了卡在長江口進(jìn)出東海咽喉要道的“骨鯁”。這不僅是迄今為止中國最大的水運(yùn)工程，也是世界最大的河口整治工程。

目前，長江口深水航道能滿足第三、四代集裝箱船和5萬噸級(jí)船舶全潮雙向通航的要求，同時(shí)兼顧滿足第五、六代大型遠(yuǎn)洋集裝箱船和10萬噸級(jí)滿載散貨船及20萬噸級(jí)減載散貨船乘潮通過長江口的要求。

長期以來，長江口因受到巨大潮量、徑流量和流域來沙量影響，河口河槽演變復(fù)雜。長江口通航航道所處的攔門沙河段，自然水深僅6米，成為通航瓶頸，制約了上海、長江三角洲及長江流域經(jīng)濟(jì)的發(fā)展。

航運(yùn)界有“一寸水深一寸金”之說，長江口通航水深從7米提高到12.5米，大大提升了長江“黃金水道”的航運(yùn)能力。據(jù)統(tǒng)計(jì)，深水航道開通前，5萬噸級(jí)以上船舶幾乎無法進(jìn)出長江口航道，而現(xiàn)在平均每天超過13艘次；吃水大于10米的船舶，由平均每天不到1艘次增加到30艘次。目前上海港的貨物吞吐量已穩(wěn)居世界第一，集裝箱吞吐量穩(wěn)居全球第二。長江口深水航道治理工程對上海國際航運(yùn)中心建設(shè)起到了重要的支撐作用。

一、二期治理工程成功實(shí)施后，10米水深航道向上延伸至南京，使南京以下425公里航道兩側(cè)160公里深水岸線得到更加充分的利用。長江南京以下兩岸港口可以直接連接海運(yùn)航線，內(nèi)河港變成了海港，形成了嶄新的發(fā)展格局。三期治理工程完工后，長江口航道水深達(dá)到12.5米并將于年內(nèi)向上延伸至太倉，將進(jìn)一步促進(jìn)長江水系形成與長江口深水航道相銜接、干流通暢、干支直達(dá)的高等級(jí)航道體系；進(jìn)一步促進(jìn)形成以上海國際航運(yùn)中心為龍頭，布局合理、層次分明、分工協(xié)作、優(yōu)勢互補(bǔ)的長江港口體系；進(jìn)一步加快長江黃金水道向上延伸的進(jìn)程，充分發(fā)揮長江黃金水道的作用，帶動(dòng)沿江中西部經(jīng)濟(jì)的崛起。

專家表示，長江口深水航道12.5米水深的貫通，能在較長一段時(shí)間內(nèi)滿足貨物運(yùn)輸量快速增長和船舶大型化發(fā)展的需要。長江口深水航道治理工程是一項(xiàng)世界級(jí)的工程，先后克服了一期工程航道驟淤、二期工程地基土軟化、三期工程航道增深困難等重大工程技術(shù)難題，取得了具有國際先進(jìn)水平的成套技術(shù)科技成果。通過一、二、三期工程的實(shí)施，建設(shè)各類導(dǎo)堤、丁壩長約180公里，基建性疏浚3.1億立方米，最終形成了全長92.2公里、底寬350—400米的雙向航道。